En 1853, la Ville de Bruxelles annexe les terrains de l’extension Nord-Est. Vingt ans plus tard, l’ingénieur de la ville Théophile de Jamblinne de Meux et l’architecte Gédéon Bordiau élaborent le plan définitif des squares, couronnés par une église sur le square Marguerite.

Dès 1893, les terrains du Square Marguerite sont mis en vente.

Les constructions commencent dans le bas et tout en haut du square. Les premiers habitants emménagent en 1897.

En 1901, la ville érige en haut du square un très haut poteau de dispersion des fils téléphoniques. L’année d’après, l’ancien kiosque mobile de la Grand-Place y trouvera un emplacement permanent.  En mars 1903, des tilleuls sont plantés autour du square, qui est alors entièrement bâti et a trouvé sa physionomie définitive.  Il s’est peuplé de rentiers, d’employés, de cabaretiers et de commerçants : au total environ 200 habitants, pour 61 ménages.

Tandis que le square est utilisé pour des démonstrations diverses et des compétitions sportives, des concerts ont lieu au kiosque, souvent à l’occasion de la fête nationale.

En mars 1941, la ville de Bruxelles met des chômeurs au travail pour niveler la plaine et aménager des gradins.  

En 1943, un abri anti-aérien est construit entre la plaine de jeu et la sous-station électrique (sous le passage actuel).  L’accès se fait de part et d’autre du kiosque. L’ancien kiosque est remplacé par une construction en briques et fer forgé.

Après-guerre, des vestiaires pour sportifs sont construits à l’emplacement de l’ancien abri. Le square devient une plaine de sports où se pratiquent le basketball, le volleyball, le handball, la gymnastique, l’escrime en plein air et les jeux de balle (balle pelote, balle au tamis, etc.).

A partir de 1963, plusieurs pâtés de maisons sont progressivement remplacés par des immeubles modernes.  La plaine de jeux actuelle remonte à 1995.

Le collectif d’habitants « Autour de Marguerite » plante dès 2018 des framboisiers dans le passage et le long des grilles, avec les enfants de l’école Émile Jacqmain.  A l’automne 2019, il réceptionne les clés de l’espace de l’ancien kiosque.  Les premières plantations du potager-verger ont lieu.

En avril 2021, la Ville de Bruxelles ouvre un marché hebdomadaire dans le bas du square, le « Marché Marguerite ».