In 1853 annexeert de Stad Brussel de terreinen gelegen aan de Noord-Oostuitbreiding. Twintig jaar later ontwerpen stadsingenieur Théophile de Jamblinne de Meux en architect Gédéon Bordiau het definitief plan van de squares, waarvan de kerk voorzien op de Margaretasquare het hoogtepunt moet zijn.

Vanaf 1893 worden de terreinen op de Margaretasquare te koop aangeboden.

De bouwwerken starten zowel onderaan als helemaal bovenaan de square. In 1897 nemen de eerste bewoners hun intrek in de huizen.

In 1901 richt de stad in het hoogste gedeelte van de square een zeer hoge distributiemast op voor de telefoon. Het jaar nadien krijgt de vroegere mobiele kiosk van de Grote Markt een permanente standplaats op de square. In maart 1903 worden er rondom de square lindebomen geplant. Volledig bebouwd, krijgt de Margaretasquare zijn definitief uitzicht. Het zijn voornamelijk renteniers, bedienden, cabarethouders en handelaars die er zich komen vestigen: in totaal een 200-tal bewoners verdeeld over 61 huishoudens.

Terwijl de square dienst doet als locatie voor diverse demonstraties en sportcompetities, vinden op de kiosk concerten plaats, vaak ter gelegenheid van de nationale feestdag.

In maart 1941 zet de stad Brussel werklozen aan het werk om het plein te nivelleren en een tribune aan te leggen. 

In 1943 wordt tussen het speelplein en het elektrisch substation een schuilkelder gebouwd (onder de actuele doorgang). Er is een toegang langs beide kanten van de kiosk. De oude kiosk wordt vervangen door een constructie uit bakstenen en smeedijzer.

Na de oorlog komt op de plaats van de oude schuilkelder een kleedkamer voor de sportievelingen. De square wordt omgevormd tot een sportplein waar diverse disciplines aan bod komen: kaatsspel, korfbal, openluchtschermen, basketbal, volleybal, handbal, enz.

Vanaf 1963 worden meerdere huizenblokken geleidelijk aan vervangen door moderne flatgebouwen.  Het huidige sport- en speelplein dateert van 1995.

Sinds 2018 is het bewonerscollectief Autour de Marguerite gestart met het planten van frambozenstruiken langsheen de hekken van het sportplein, in samenwerking met de kinderen van bassisschool Émile Jacqumain. In de herfst van 2019 worden de sleutels van de vroegere kiosk aan het bewonerscollectief overhandigd. De eerste beplantingen van de nieuwe moestuin en boomgaard kunnen beginnen.

In april 2021 opent de Stad Brussel een wekelijks marktje onderaan de square, de zogenaamde Margaretamarkt.